En 7 de diciembre de 1848 la Constitución Política le concedió a Heredia el título de Cantón y le asignó 7 distritos parroquiales. Este Cantón estuvo habitado por poblaciones indígenas del Reino Huetar de Occidente, algo que a finales de la era precolombina estuvieron bajo el dominio del Cacique Garavito. En 1706 nos emigrantes de Cartago fundaron una ermita como Ayuda de Parroquia en el paraje de Elvirilla, realizándose el espontáneo poblamiento de la zona. Entre 1716 y 1717 se trasladó la ermita hacia el norte, al sitio que los nativos llamaban Cubujuquí. En 1736 se erigió en parroquia la ermita de la Inmaculada Concepción de Cubujuquí.
En 1751 el Monseñor Pedro Agustín Morel de Santa Cruz, Obispo de Nicaragua y Costa Rica, fundó la primera escuela en Cubujuquí y la instaló bajo la dirección de un sacerdote. En 1845 funcionó el Colegio del Padre Paúl y en 1875 inició sus lecciones el primer Colegio de San Agustín, el que funcionó por 4 años. Luego se reabrió de 1884 a 1886 y de 1904 a 1914 se estableció como Liceo de Heredia. En 1915 dio paso a la Escuela Normal de Costa Rica y posteriormente la Universidad Nacional (UNA).
EL 31 de octubre de 1797 el cura párroco Félix de Alvarado y Salmnón-Pacheco puso la primera piedra para la construcción de la actual iglesia parroquial de Heredia, una de las más antiguas de Costa Rica.
Heredia, al igual que otras poblaciones de Costa Rica, proclamó en 1821 la independencia absoluta del gobierno español. De 1822 a 1823 la población se mantuvo separada de Costa Rica y sujeta a las autoridades de León (Nicaragua), las que habían proclamado la unión incondicional al Imperio Mexicano. Al producirse en abril de 1823 la guerra civil entre republicanos y monárquicos costarricenses, Heredia intervino en favor de la causa monárquica, atacando y ocupando la población de Alajuela, mayoritariamente republicana.
El 11 de noviembre de 1824, durante el gobierno del primer Jefe de Estado, Juan Mora Fernández, el Congreso Constituyente de Costa Rica concedió a Heredia el título de ciudad.
En agosto de 1835, al ser derogada la Ley de la Ambulancia, Heredia se convirtió en sede de los Poderes Legislativo y Conservador y capital del Estado de Costa Rica, aunque los Poderes Ejecutivo y Judicial fueron ubicados en la ciudad de San José.
En la segunda guerra civil costarricense, llamada Guerra de la Liga, que enfrentó a San José con la sublevación de Cartago, Alajuela y Heredia. Ésta tuvo un papel significativo, ya que uno de los principales vecinos de la ciudad, Nicolás Ulloa Soto, fue proclamado Dictador de la Liga y cabeza formal de los insurrectos.