En 1848 la Constitución Política estableció los títulos de Provincia, Cantón y Distrito Parroquial. En la ley No. 36 del 7 de diciembre de 1848 se estableció la Provincia de Heredia. El decreto ley número 167 del 7 de diciembre de 1848 le concede a Heredia el título de Cantón y le asigna siete distritos parroquiales.
El Cantón de Heredia estuvo habitado por poblaciones indígenas del Reino Huetar de Occidente, algo que a finales de la era precolombina estuvieron bajo el dominio del Cacique Garavito. En 1706 nos emigrantes de Cartago fundaron una ermita como Ayuda de Parroquia en el paraje de Elvirilla, realizándose el espontáneo poblamiento de la zona. Entre 1716 y 1717 se trasladó la ermita hacia el norte, al sitio que los nativos llamaban Cubujuquí. En 1736 se erigió en parroquia la ermita de la Inmaculada Concepción de Cubujuquí.
En 1751 Monseñor Pedro Agustín Morel de Santa Cruz, Obispo de Nicaragua y Costa Rica fundó la primera escuela en Cubujuquí y la instaló bajo la dirección de un sacerdote. En 1845 funcionó el Colegio del Padre Paúl. En 1875 inicio lecciones el primer Colegio de San Agustín que funcionó por cuatro años, luego se reabrió de 1884 a 1886 y de 1904 a 1914 se estableció como Liceo de Heredia; en 1915 dio paso a la Escuela Normal de Costa Rica y posteriormente la Universidad Nacional (UNA).
En 1762 el pueblo de la Inmaculada Concepción de Cubujuquí inició gestiones ante la Real Audiencia de Guatemala para ser erigidio en villa y contar con gobierno municipal propio, y solicitó expresamente que se le diese el nombre de Heredia, ya que el Presidente de la Audiencia era Alonso Fernández de Heredia. La Audiencia aprobó la solicitud, pero las ofertas presentadas en la subasta para adquirir los cargos en el primer ayuntamiento fueron mínimas y no se pudo inaugurar la corporación. En 1779, la Audiencia revocó el título de villa, aunque la población mantuvo el nombre de Heredia y popularmente también el de "Villa Vieja", porque el recién formado pueblo de San José, al sur del Virilla, recibía el sobrenombre de La Villita o Villa Nueva. Sin embargo, esta costumbre fue expresamente prohibida por las autoridades en 1801, debido a que el apelativo de villa parecía dar a esas poblaciones una condición jurídica que en realidad no les correspondía.
EL 31 de octubre de 1797 el cura párroco Félix de Alvarado y Salmnón-Pacheco puso la primera piedra para la construcción de la actual iglesia parroquial de Heredia, una de las más antiguas de Costa Rica.
Instaurado el régimen constitucional con la Constitución de Cádiz, primera que rigió en Costa Rica, el primer Ayuntamiento o municipalidad de Heredia se instaló el 19 de mayo de 1812.En 1813, por gestiones del Diputado costarricense Florencio del Castillo Villagra, las Cortes españolas concedieron a Heredia el título de villa, pero en 1814 fue anulado, como consecuencia de la decisión del rey Fernando VII de dejar sin efecto todo lo actuado por las Cortes. En 1820, poco después de restablecido el régimen constitucional, una ley de las Cortes hizo que Heredia recibió por tercera vez el título de villa.
Heredia, al igual que otras poblaciones de Costa Rica, proclamó en 1821 la independencia absoluta del gobierno español. De 1822 a 1823 la población se mantuvo separada de Costa Rica y sujeta a las autoridades de León, Nicaragua, que habían proclamado la unión incondicional al Imperio Mexicano. Al producirse en abril de 1823 la guerra civil entre republicanos y monárquicos costarricenses, heredia intervino en favor de la causa monárquica y atacó y ocupó la población de Alajuela, mayoritariamente republicana, pero depuso las armas sin lucha a los pocos días, después de que el caudillo republicano Gregorio José Ramírez y Castro derrotó a los monárquicos cartagineses en la batalla de Ochomogo, tomó Cartago e intimó a los heredianos a rendirse. Después de estos hechos, Heredia se reincorporó a Costa Rica, y aunque fue invitada a enviar representantes al Congreso constituyente de Nicaragua, no lo hizo.
El 11 de noviembre de 1824, durante el gobierno del primer vaJefe de Estado Juan Mora Fernández, el Congreso Constituyente de Costa Rica concedió a Heredia el título de ciudad.
En agosto de 1835, al ser derogada la Ley de la Ambulancia, Heredia se convirtió en sede de los Poderes Legislativo y Conservador y capital del Estado de Costa Rica, aunque los Poderes Ejecutivo y Judicial fueron ubicados en la ciudad de San José.
En la segunda guerra civil costarricense, llamada Guerra de la Liga, que enfrentó a San José con la sublevación de Cartago, Alajuela y Heredia, ésta tuvo un papel significativo, ya que uno de los principales vecinos de la ciudad, Nicolás Ulloa Soto, fue proclamado Dictador de la Liga y cabeza formal de los insurrectos. Las tropas heredianas y alajuelense ocuparon el llano del Murciélago, al norte de San José, pero se retiraron a de allí al enterarse de que los josefinos habían tomado Cartago. Poco después, las tropas josefinas cruzaron el río Virilla, derrotaron rápidamente a los rebeldes y ocuparon Heredia y Alajuela. A pesar de estos hechos, Heredia conservó la condición de capital de Costa Rica hasta 1838, año en que el Jefe de Estado Braulio Carrillo Colina concentró de hecho todos los poderes en San José.
En 1848 la Constitución Política estableció los títulos de Provincia, Cantón y Distrito Parroquial. En la ley Nº 36 de 7 de diciembre de 1848 le concedió a Heredia el título de Cantón y le asignó 7 distritos parroquiales.